第1章　はじめに
　　1.1　歴史としての自然界
　　1.2　系統樹
　　1.3　ゲノム
　　1.4　脳
　　参考文献

第2章　系統樹とは
　　2.1　ＤＮＡの自己複製が生じる系統樹
　　2.2　グラフ理論における「木」
　　2.3　生物進化学における系統樹
　　2.4　樹形の全可能数\r
　　参考文献

第3章　系統樹をめぐって
　　3.1　はじめに
　　3.2　樹形の表現方法
　　3.3　樹形と樹形の間の関係
　　3.4　系統樹の生物学的考察
　　参考文献

第4章　近隣結合法をはじめとする距離行列法
　　4.1　系統樹作成法の大分類
　　4.2　ＵＰＧＭＡ
　　4.3　トップダウン方式とボトムアップ方式
　　4.4　近隣結合法
　　4.5　近隣結合法の誕生まで
　　4.6　その他の距離行列法
　　参考文献

第5章　形質状態データから系統樹を作成する方法
　　5.1　形質状態データとは
　　5.2　最大節約法
　　5.3　最尤法
　　参考文献

第6章　系統ネットワークを用いた配列間関係の表現
　　6.1　系統ネットワークとは
　　6.2　究極のネットワーク：ｎ個の変化にｎ次元が対応する場合
　　6.3　系統ネットワークの具体例
　　6.4　同等な最大節約系統樹のすべてを包含する単一の系統ネットワーク
　　6.5　距離行列から
　　6.6　系統ネットワークの網目構造の生物学的意味
　　6.7　系統ネットワークの構築とその図示
　　参考文献

第7章　ゲノムとは
　　7.1　ゲノム定義の変遷
　　7.2　生命とゲノムの起源
　　7.3　ゲノム情報の多義性
　　参考文献

第8章　ゲノム解析の諸法
　　8.1　はじめに
　　8.2　塩基配列決定法の発明から自動化による大規模決定まで
　　8.3　バクテリアのゲノム解読
　　8.4　真核生物ゲノムの繰り返し構造
　　8.5　真核生物のゲノム配列決定
　　参考文献

第9章　ゲノムの進化学的解析
　　9.1　ゲノムの比較はすなわちゲノム進化の研究
　　9.2　多重整列と相同性検索
　　9.3　同義置換と非同義置換
　　9.4　塩基置換のパターン
　　参考文献

第10章　中立進化するゲノム
　　10.1　偶然による突然変異遺伝子の子孫数変化
　　10.2　ゲノム全体における遺伝子の置換
　　10.3　異なるレベルにおける非中立進化の割合
　　参考文献

第11章　塩基配列以外のゲノム進化解析
　　11.1　はじめに
　　11.2　遺伝子重複とゲノム重複
　　11.3　ゲノムサイズと進化速度
　　11.4　ゲノム内ＧＣ含量のばらつき
　　参考文献

第12章　ポストゲノム時代の進化解析
　　12.1　「ポストゲノム」とは
　　12.2　大規模に決定された転写ＲＮＡ塩基配列の進化的解析
　　12.3　ＲＮＡ発現パターンの進化的解析
　　12.4　代謝ネットワークの進化
　　12.5　タンパク質立体構造の進化
　　12.6　さらに大規模なゲノム配列の決定時代へ
　　参考文献

第13章　神経系の基礎反応に関与する遺伝子群の進化
　　参考文献

第14章　神経中枢としての脳の進化
　　参考文献

第15章　進化の産物としての意識の階層構造
　　参考文献

索引